真菌的分类系统很多，各派分类论点各不相同，下面仅介绍其中的两种较有代表性的真菌分类系统。
1.安斯沃思（G.C.Ainsworth1971，1973）的分类系统
该系统在Whittake将真菌独立成界的基础上，将真菌界分为两个门（真菌门和黏菌门），在真菌门内根据有性孢子的类型、菌丝是否有隔膜等性状分为5个亚门，即鞭毛菌亚门、接合菌亚门、子囊菌亚门、担子菌亚门和半知菌亚门（表2-2）。这一分类系统在20世纪较有影响，但显然这一系统仍属“人为分类”而非真正按亲缘关系和客观反应系统发育关系对真菌进行的“自然分类”。
表2-2 安斯沃思的真菌分类依据表
2.《真菌字典》的分类系统
1995年，根据18SrRNA序列的研究、生物化学和细胞壁组分以及DNA序列分析的结果，国际真菌学研究的权威机构———英国国际真菌研究所（International Mycological Institu-te）出版的第8版《真菌词典》（Dictionary of Fungi）中，将原来的真菌界划分为原生动物界、藻界和真菌界。真菌界仅包括了4个门，即壶菌门、接合菌门、子囊菌门和担子菌门。卵菌、丝壶菌和网黏菌被发现与硅藻类和褐藻类具有近缘关系，这一类群被称为藻界，而其他黏菌被认为属于原生动物界。《真菌词典》的分类系统较之安斯沃思的分类系统有了进步，但是否是代表真正的“自然分类”则仍需探讨。2008年出版了《真菌词典》第10版，说明该系统代表了现代真菌分类的方向。
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